Весной 1940 года Германия оккупировала большую часть Франции. Онеггер тяжело переживал военный и политический разгром страны, смерть и пленение многих товарищей по искусству. Периодически выезжая в Швейцарию, композитор остаётся в Париже, чтобы оказать помощь друзьям и содействовать сохранению живого пульса французского музыкального искусства. Он систематически пишет статьи в журнале «Comoedia», освещая музыкальную жизнь и пытаясь отстаивать те произведения французского искусства, в которых проявляется национальный дух. Онеггер участвует в организации концертов из произведений композиторов, числившихся в чёрных списках гестапо или находящихся в эмиграции, помогает в создании подпольных мастерских, где печатались на пластинках запрещённые фашистами сочинения нового жанра – радиооперы и радиооратории, которые давали возможность общения с самой широкой аудиторией даже в эти суровые годы. Так возникли радиоопера-оратория «Христофор Колумб» в 1940 году, радиоспектакль «Биения мира» в 1944 году. [6; 170].
Большинство сочинений военных лет отражает настроения художника-патриота. «Биения мира» рассказывает о жертвах фашистских застенков. С темой войны и мира связана кантата «Песнь освобождения», возникшая в 1942 году, музыка к драматическим спектаклям Моракса, трагедиям Эсхила, драмам Клоделя («Красный башмачок»). Борьба против тирании, инквизиции в средневековой Испании и другие иносказания сюжета этого спектакля были восприняты как отражение антифашистских взглядов авторов и имели большой общественный резонанс.
В музыкальном творчестве 40-х – начала 50-х годов важнейшее место принадлежит симфоническому жанру. Каждая из симфоний – особый, насыщенный глубоким содержанием мир идей и чувств, отражающий этапы духовной жизни не только Онеггера, но и многих его современников, пытавшихся осмыслить жестокие уроки второй мировой войны. [9; 223].
Во всех своих симфониях композитор сохраняет их трёхчастное построение и широко применяет в них приёмы и формы письма классической и линеарной полифонии. В них главенствуют принципы сонатной диалектики, которая выявляет идейный замысел и определяет закономерности общего построения симфонического цикла. Существенную роль в формообразовании играют тематические связи между частями и реминисценции сквозноготематизма, несущего определённую смысловую нагрузку. Построение первых частей его симфоний свидетельствует о редкой свободе в трактовке сонатной формы, порой приобретающей черты смешанной формы, но неизменно сохраняющей основные принципы сонатности: рельефность и контрастность тематизма и насыщенность разработочными эпизодами, которые часто сдвигаются в репризу, что динамизирует и придаёт ей новый драматургический смысл. Онеггер считал классические точные репризы устаревшими, создающими впечатление длиннот. Во всех симфониях финал является итогом, идейным выводом всего цикла и поэтому приобретает особую весомость в нём. [7; 18].
В 1941 году возникает Вторая симфония (Симфония Сопротивления), в 1946 – Третья («Литургическая») и Четвёртая («Базельские утехи») симфонии. «Литургическая» симфония явилась выдающимся произведением мирового симфонизма, одним из самых значительных документов эпохи. Она посвящена Ш.Мюншу и исполнена под его руководством в 1946 году – 17 августа в Цюрихе и 14 ноября в Париже.
Четвёртая симфония – «Базельские утехи» - лирико-жанровая. Её музыка воспевает прекрасную природу и быт Швейцарии. Написанная к юбилею Базельского камерного оркестра, она была исполнена 21 января 1947 года под руководством Пауля Захера.
Линия психолого-драматического типа симфонизма, сложившегося в циклах Первой, Второй и Третьей симфоний, завершается трагической Пятой симфонией (1950) и Монопартитой (1951). Мировоззрение художника-демократа заставляло его ставить и решать проблемы, волнующие весь мир. Именно в Пятой симфонии тема современности получает сгущённо-трагедийную окраску. Ни одна из частей этого лаконичного трёхчастного цикла не вносит просветления. Каждая часть неизбежно заканчивается глухим ударом литавр на звук «ре», что символизирует тщетность усилий, предпринимаемых человеком в борьбе с жизненными препятствиями и приводящих его к роковому концу. [7; 51].
Своей Второй, Третьей и Пятой симфониями Онеггер открывает новую страницу в развитии французского симфонизма, создавая симфонии философского и трагического содержания. Образный строй этих сочинений, полный мрачной безнадёжности, во многом отражает пессимистические настроения композитора, навеянной горькими размышлениями о неизбежности новой мировой катастрофы, гибели цивилизации. Онеггер болезненно переживает угрозу, нависшую над музыкальным искусством в условиях буржуазного мира. Свои размышления он отражает в собственных публицистических работах. В статье «Музыка и освобождение», в книге «Я – композитор», в сборнике статей «Заклинание окаменелостей», в докладе «Музыкант в современном мире» Онеггер гневно обличает состояние культуры и образования в стране, пишет о бесперспективном положении одарённого музыканта в буржуазном обществе и утверждает необходимость развития искусства свободного и реалистического, насыщенного большим идейным содержанием и социальным звучанием. Эти мысли были вызваны вовсе не личными обстоятельствами. В это время композитор достиг всеобщего признания и славы, стал почётным членом Французской академии, где занимал кресло Гайдна, президентом Инетернациональной федерации и ассоциации авторов театральной музыки, основателем и президентом Музыкального совета при ЮНЕСКО, был избран доктором философии и музыки Цюрихского и Оксфордского Университетов. Его музыка звучала во всех странах мира.