С энтузиазмом Паганини отдался работе. Ему было поручено руководство городским оркестром. Впервые скрипач становился за дирижерский пульт, учится управлять огромным многокрасочным инструментом. Однако уровень игры музыкантов не удовлетворял, художественным требованиям Паганини. И он со всем пылом юности старается передать новое понимание приемов игры не только исполнителем скрипичных партий. Учениками Паганини стали виолончелисты, альтисты, контрабасисты. Никколо так нравилось делится своими занятиями, что он давал бесплатные уроки даже преподавателям скрипки.
Широко использует он разрешение концертировать. С небывалым успехом выступает в Пизе, Милане, Ливорно. Восторг слушателей кружит голову, пьянит ощущение свободы. Приходят и увлечения иного порядка, которым он отдается, как и скрипке.
В Ливорно, когда он проиграл в карты не только деньги, все имущество, но и драгоценную скрипку. А должен был выступать в этом городе. Выручил местный театральный импресарио и негоциант – некий Ливрон, одолживший для выступления скрипку работы одного из самых знаменитых мастеров – Гварнери дель Джезу (1742 года изготовления.) После концерта владелец инструмента, восхищенный искусством Паганини, воскликнул: «Никто, кроме вас, не должен играть на этой скрипке!» И действительно, ничья рука при жизни Паганини не прикасалась к ней. И по завещанию Паганини подарок Ливрона хранится навечно в Генуе.
В это бурное время приходит первая любовь. И ей скрипач отдается весь, без остатка, как и всему, что он делал. Почти на три года имя Паганини исчезает с концертных афиш.
В Париже своему биографу Ф. Фетису сообщил чуть больше: влюбился в знаменитую даму, с которой провел вместе все эти годы в ее имении в Тоскане. Она играла на гитаре. Никколо был счастлив, потому посвятил этому инструменту свое время.
В эти годы были созданы многие гитарные сочинения Паганини, в том двенадцать сонат для скрипки и гитары, а также Двадцать четвертый каприччо.
В 1804 году скрипач возвращается на родину, в Геную, и несколько месяцев занимается лишь сочинением. А затем он снова приезжает в Лукку, только уже не Республике, а герцогстве, которым правил Феличе Бачокки, женатый на сестре Наполеона Элизе. Три года служил Паганини в Лукке камерным виртуозом и дирижером оркестра. Часто ему приходилось выступать во дворце и как гитаристу. Для того чтобы стать допущенным ко дворцу, Паганини получил чин капитана придворной гвардии. К этому времени Паганини почти перестает играть сочинения других авторов, переходит на собственный репертуар.
Отношения с княгиней Элизой постепенно приобрели не только официальный характер. Паганини создает и посвящает ей «Любовную сцену», специально написанную для двух струн («Ми» и «Ля»). Другие струны во время игры снимались. Сочинение произвело фурор. Затем княгиня потребовала произведение только для одной струны. «Я принял вызов, - говорит Паганини, и спустя несколько недель, написал военную сонату «Наполеон» для струны «Соль», которую на придворном концерте 25 августа. Успех превзошел самые смелые ожидания.
Паганини завершает и свой «Большой скрипичный концерт» ми минор, рукописную копию которого обнаружили в Лондоне лишь в 1972 году. Это сочинение во многом является своеобразным подступом, эскизом к позднейшему концерту ре минор (известному как Первый концерт). Вторая часть – адажио – область проникновенной лирики. Третья – рондо в стиле полонеза – блестящий жанровый финал, использующийся польские танцевальные ритмы в сочетании с элементами народной тарантеллы. В этом сочинении стиль Паганини, пожалуй, впервые приобрел эпический размах, широту романтического дыхания.
Прошло почти три года службы, и Паганини начали тяготить отношения с Элизой, двором, ему вновь захотелось артистической и личной свободы. Воспользовавшись разрешением уехать на концерты, он выступает во многих городах и не спешит вернуться в Луку. Не приезжает и в родной город.
Антонио писал грозные письма, настойчиво требовал денег, возвращения домой. Не выпускала Паганини из поля зрения и Элиза. В 1808 году она получила во владение Тосканское герцогство со столицей Флоренцией. Праздник шел за праздником. Снова нужен Паганини. И он был вынужден вернуться. Во Флоренции прошло еще 4 года его придворной службы.
Поражение Наполеона в России резко осложнило обстановку во Флоренции, сделало пребывание там Паганини уже невыносимым. Он жаждал освободиться от независимости. Нужен был повод. И он его нашел, явившись в мундире капитана на придворный концерт. Ему пришлось поспешно бежать во избежание ареста.
Окончилась навсегда его придворная служба, сковывавшая художественные стремления. Он был свободен, наконец-то могла осуществиться его мечта – выехать за пределы Италии, помериться силами с прославленными скрипачами Европы. И – победить! Но поездку пришлось отложить, необходимо было поправить здоровье: вновь стало плохо с легкими.