Вскоре Кюи остановился на лирической комедии современного французского поэта Ж. Ришпена. Действие «Флибустьера» развивается спокойно и неторопливо. Герои произведения — простые люди, живущие в небольшом французском местечке на берегу моря. Старый бретонский моряк Франсуа Легоэз и его внучка Жаник уже много лет ждут возвращения Пьера, жениха Жаник, ушедшего в море еще совсем мальчиком. Но день идет за днем, складываясь в месяцы и годы, а никаких известий от Пьера так и не поступает. Однажды в дом Легоэза пришел молодой моряк Жакмен, товарищ Пьера, также много времени не видевший друга и искренне убежденный, что он погиб. Легоэз и Жаник принимают за него Жакмена. Девушка в Жакмене-Пьере с радостью находит свой идеал возлюбленного, который она давно нарисовала в воображении. В свою очередь, Жакмен также полюбил Жаник, однако внезапное возвращение настоящего Пьера, раскрывает невольный обман Жакмена. В гневе старый моряк выгоняет его из своего дома, но вскоре сам понимает, что поступил несправедливо и что Жаник любит молодого человека. Истинное благородство проявляет и Пьер, который понимает, что его невеста любит Жакмена, и способствует их счастью. Такова вкратце фабула пьесы, послужившей Кюи сюжетом для оперы.
Он писал музыку оперы на почти неизмененный французский текст пьесы Ришпена, исключив только отдельные стихи и включив небольшой хоровой эпизод. Цезарь Антонович успел завершить «Флибустьера» незадолго до начала болезни Мерси-Аржанто, которой он и посвятил новую оперу.
Это была первая опера русского композитора, поставленная за рубежом – Париже, на сцене Комической, по заказу ее дирекции. Премьера состоялась 22 января (по новому стилю) 1894 года на сцене Комической оперы.
Театр был полон. Первое представление «Флибустьера» прошло с большим успехом и сопровождалось горячими аплодисментами. Многое в опере было непривычным: скромная обстановка дома старого бретонского моряка, причем декорации, как и задумывал автор.
Отклики после премьеры были разнообразны, но сам факт постановки русской оперы на сцене парижского театра говорил о значительном росте авторитета и популярности русской музыки за рубежом. В Париже Кюи был избран членом-корреспондентом «Института Франции» и награжден Командорским крестом ордена Почетного легиона. Двумя годами позднее Королевская академия литературы и искусства Бельгии также стала считать его своим членом. А еще раньше — в конце 1880-х — начале 1890-х годов — Кюи был избран почетным членом нескольких иностранных музыкальных обществ. «Все это очень мило,— писал композитор в 1896 году,— но насколько мне было бы приятнее, если бы в Москве поставили хоть одну из моих опер».