Музыку для органа Бах писал всю жизнь. Его последним сочинением стал органный хорал на мелодию Пред. Твой престол я предстаю (Vor deinem Thron tret' ich hiemit), продиктованный слепым композитором своему ученику. Здесь мы сможем назвать лишь немногое из множества великолепных органных произведений Баха: широко известная блестяще-виртуозная токката и фуга ре минор сочинена в Арнштадте (популярностью пользуются также ее многочисленные оркестровые переложения); грандиозная пассакалья до минор, цикл из 12 вариаций на тему, постоянно проходящую в басу, и заключительной фуги, появилась в Веймаре; «большие» прелюдии и фуги до минор, до мажор, ми минор и си минор – произведения лейпцигского периода (между 1730 и 1740). Особого внимания заслуживают хоральные обработки. 46 из них (предназначенных для разных праздников церковного года) представлены в собрании под названием Органная книжечка (Orgelbchlein): она появилась в конце веймарского периода (возможно, во время пребывания в тюрьме). В каждой из этих обработок Бах воплощает внутреннее содержание, настроение текста в свободно разработанных трех нижних голосах, в то время как хоральная тема звучит в верхнем, сопрановом голосе. В 1739 он напечатал 21 хоральную обработку в сборнике, который называется. Третья часть Клавирных упражнений (цикл известен также под именем Немецкой органной мессы). Здесь духовные гимны следуют в порядке, соответствующем лютеровскому катехизису, причем каждый хорал представлен в двух вариантах – сложном для знатоков и простом для любителей. Между 1747 и 1750 Бах подготовил к публикации еще 18 «больших» органных хоральных обработок (т.н. Шюблеровские хоралы), для которых характерны несколько менее сложный контрапункт и изысканность мелодической орнаментики. Среди них особенно выделяется цикл хоральных вариаций. Укрась себя, блаженная душа (Schmcke dich, o liebe Seele), в котором композитор из начального мотива гимна выстраивает великолепную сарабанду.