В конце 1740-х годов здоровье Баха ухудшилось, особенно беспокоила резкая потеря зрения. Две неудачные операции по удалению катаракты привели к полной слепоте. Дней за десять до смерти Бах неожиданно прозрел, но затем с ним случился удар, сведший его в могилу.
Торжественные похороны вызвали огромное стечение народа из разных мест. Композитора похоронили вблизи церкви св. Фомы, в которой он прослужил 27 лет. Однако позже по территории кладбища проложили дорогу, могила затерялась. Лишь в 1894 останки Баха случайно были найдены во время строительных работ, тогда и состоялось перезахоронение.
Сложной оказалась и судьба его наследия. При жизни Бах пользовался известностью. Однако после смерти композитора имя и музыка Баха стали предаваться забвению. Подлинный интерес к его творчеству возник лишь в 1820-е годы, начало чему положило исполнение в 1829 году в Берлине "Страстей по Матфею" (организованное Ф. Мендельсоном-Бартольди). В 1850 году было создано "Баховское общество", стремившееся выявить и опубликовать все рукописи композитора (за полвека было издано 46 томов).
Бах - крупнейшая фигура мировой музыкальной культуры. Его творчество представляет собой одну из вершин философской мысли в музыке. Свободно скрещивая черты не только разных жанров, но и национальных школ, Бах создал бессмертные шедевры, стоящие над временем. Будучи последним (наряду с Г. Ф. Генделем) великим композитором эпохи барокко, Бах вместе с тем пролагал пути музыке нового времени. Среди продолжателей исканий Баха - его сыновья. Всего у него было 20 детей, только девять из них пережили отца. Четверо сыновей стали композиторами. Кроме упомянутых выше - Иоганн Кристиан (1735-82), Иоганн Кристоф (1732-95).